For english scroll down

Stage opdracht: Data analyse toolbox ontwikkeling voor celkweek analyse

Locsense B.V. is een innovatief bedrijf dat in-vitro bio-elektronica ontwikkelt. We dragen bij aan het verminderen en vervangen van dierproeven voor medicijnontwikkeling en cosmetica, door meetapparatuur te leveren voor in-vitro testen. De Artemis impedantie spectrometer / TEER detector is in staat om celgroei, barrière-integriteit en celactiviteit te bewaken. Deze parameters zijn relevant om b.v. toxiciteit en werkzaamheid van geneesmiddelverbindingen te bepalen.

Opdracht omschrijving



,Tijdens deze opdracht draag je bij aan de ontwikkeling van een toolbox voor data-analyse. De interpretatie van impedantiespectra is complex. Daarom worden equivalente elektrische circuitmodellen toegepast die de cellen in kweek, inclusief detectie-elektroden nabootsen. Middels curve-fitting worden deze modellen gefit aan de experimentele gegevens om relevante parameters te verkrijgen. Deze opdracht omvat data-analyse voor verschillende celtypes in verschillende stadia van de celkweek, middels o.a. de volgende activiteiten:




    

  • het ontwerpen en optimaliseren van equivalente circuits
    • 

  • het fitten van experimenteel verkregen data aan de equivalente circuits
    • 

  • testen en verifiëren van de ontwikkelde methoden en modellen
    • 



Afhankelijk van de interesses en voorkeuren van de kandidaat kunnen machine learning technieken worden toegepast en/of is er ruimte om de ontwikkelde analysemethoden te implementeren in een GUI (C++).




Profiel
Bij voorkeur herken je jezelf in het volgende profiel:


    

  • Bachelor/master student informatica/wiskunde, natuurkunde of gelijkwaardig 
    • 

  • Kennis van biomedische signaalverwerking
    • 



Contact
Vragen over deze opdracht en sollicitaties kunnen worden gericht aan: Susan Roelofs, algemeen directeur, e-mail: s.h.roelofs@locsense.nl


Internship: Data analysis toolbox development for cell culture analysis
Locsense B.V.
Locsense contributes to reduction and replacement of animal testing, by providing measurement equipment for in-vitro tests. The Artemis impedance spectrometer/TEER is capable of monitoring cell growth, barrier integrity and cell activity. These parameters are relevant to determine e.g. toxicity and efficacy of drug compounds for drug development.


Assignment
During this assignment you will contribute to the development of a data-analysis toolbox. The interpretation of impedance spectra is complex. Therefore, equivalent electrical circuit models are applied that mimic the cells in culture including sensing electrodes. These models are fitted to the experimental data to obtain relevant parameters. This assignment includes data-analysis for different types of cells at different stages of cell culture.


    

  • design and optimize equivalent circuits
    • 

  • mathematical fitting of data with equivalent circuits
    • 

  • Test and verification of the developed methods and models
    • 



Depending on the interests and preferences of the candidate, machine learning techniques can be applied and or implementation of the developed analysis methods in the GUI (c++).


Profile
    

  • Bachelor/master student computer science/mathematics, physics or equivalent
    • 

  • knowledge biomedical signal processing
    • 



Contact
  
Questions and applications can be directed to: Susan Roelofs, PhD (director Locsense B.V.), email: s.h.roelofs@locsense.nl.